La selección genómica constituye un avance de la tecnología de marcadores (SAM) tradicional y da lugar a una selección aún mejor y más fiable de las plantas que se cruzarán y de las variedades que se obtendrán. Debido a que el coste de la detección de marcadores genéticos ha disminuido considerablemente, pueden analizarse varios marcadores a la vez en una misma planta.
Para ello, los mejoradores crean un perfil de marcadores con varios miles de marcadores para cada planta. Cada planta tiene un perfil de marcadores específico, equivalente a una huella digital. Con las técnicas de marcadores ultrarrápidas ya establecidas en KWS, los perfiles de marcadores se pueden crear de forma rápida y rentable.
A continuación, los miles de perfiles de marcadores de una población vegetal se vinculan a los datos de campo medidos. A partir de esta información, se desarrollan modelos estadísticos y matemáticos que pueden usarse para predecir el valor de las plantas en cuanto a mejoramiento y para saber si son adecuadas para el desarrollo posterior de variedades, en función de los perfiles de marcadores de las semillas o las plantas jóvenes. Después, mediante programas informáticos complejos, se determina qué plantas son más prometedoras para el cruce, a partir de los perfiles de marcadores de otras plantas concretas que no se probaron en el campo. Gracias a este proceso de preselección, muchas de las pruebas de campo ya no son necesarias y, aun así, se mantiene el proceso de mejoramiento.
La colaboración estrecha entre la investigación genómica y la investigación en mejoramiento ayuda a aumentar continuamente la eficiencia de este último y acelera su progreso.