Selekcja genomu jest kolejnym etapem rozwoju tradycyjnej technologii znaczników (MAS), a jej skutkiem jest jeszcze lepsza i bardziej niezawodna selekcja, pod warunkiem wybrania odpowiednich partnerów do krzyżowania i przyszłych odmian. Koszt wykrywania znaczników genetycznych znacznie spadł, a dzięki temu jedna roślina może być analizowana równocześnie pod kątem różnych znaczników.
Hodowcy robią to poprzez utworzenie profilu znacznika z kilkoma tysiącami znaczników dla każdej rośliny. Każda roślina ma specyficzny profil znacznikowy, który można porównać do odcisku palca. Dzięki wysokowydajnym technologiom znacznikowym, które są już regularnie stosowane w KWS, profile znacznikowe można tworzyć szybko i ekonomicznie.
Tysiące profili znacznikowych z jednej populacji roślin są następnie łączone z danymi polowymi uzyskanymi w wyniku pomiarów. Na tej podstawie opracowuje się model statystyczny i model matematyczny, które można wykorzystać do przewidywania wartości hodowlanej roślin i ocenić, czy są one odpowiednie do dalszego rozwoju odmian, opierając się na profilach znacznikowych nasion lub młodych roślin. Następnie skomplikowane oprogramowanie wybiera rośliny, które są najbardziej obiecującymi kandydatami do krzyżowania, opierając się na profilach znacznikowych innych roślin, które nie były poddane testom polowym. Dzięki temu procesowi preselekcji nie są już wymagane liczne testy polowe, a mimo to postęp w hodowli jest utrzymany.
Ścisła interakcja między genomem i badaniami hodowlanymi nieustannie zwiększa efektywność hodowli i przyspiesza postęp w hodowli.