Хвороби рослин можуть бути спричинені грибком, нематодами, бактеріями та вірусами. Для боротьби з хворобами, спричиненими цими збудниками, зазвичай потрібне поєднання різних заходів. Крім біологічних і хімічних пестицидів, важливі також такі фактори, як вибір гібриду і місце розташування, сівозміна і методи вирощування.
Фітопатологи займаються не лише дослідженням хвороб та спостереженнями за шкідниками, діагностикою захворювань і тестуваннями селекційного матеріалу, але також працюють і над розробкою та впровадженням нових тестів і методів, а також над захистом рослин у теплицях і на полі.