Die Genomische Selektion ist eine Weiterentwicklung der traditionellen Markertechnologie (MAS) und führt zu einer noch besseren Auslese mit größerer Verlässlichkeit bei der Auswahl geeigneter Kreuzungspartner und zukünftiger Sorten. Auch weil die Kosten für den Nachweis genetischer Marker erheblich gesunken sind, lässt sich eine Pflanze gleichzeitig auf viele Marker hin untersuchen.
Dafür erstellen die Züchter für jedes Individuum ein Markerprofil aus mehreren Tausend Markern. Jede Pflanze besitzt ein bestimmtes Markerprofil – es lässt sich mit einem Fingerabdruck vergleichen. Mit den bei KWS bereits etablierten Hochdurchsatz-Markertechnologien lassen sich Markerprofile schnell und kostengünstig erstellen.
Tausende von Markerprofilen einer Pflanzenpopulation werden dann mit den gemessenen Daten aus dem Feld verknüpft. Daraus werden statistisch-mathematische Modelle entwickelt, mit denen sich anhand der Markerprofile von Samenkörnern oder Jungpflanzen vorhersagen lässt, welchen Zuchtwert die Pflanzen haben und ob sie sich für die anschließende Sortenentwicklung eignen. Eine komplexe Software übernimmt dann die Aufgabe, aus den Markerprofilen weiterer Individuen, die im Feld nicht getestet wurden, jene Pflanzen zu bestimmen, deren Kreuzung am vielversprechendsten erscheint. Viele Feldversuche können durch diese Vorselektion entfallen ohne an Zuchtfortschritt zu verlieren.
Durch die enge Zusammenarbeit von Genom- und Züchtungsforschung werden dabei kontinuierlich die Züchtungseffizienz erhöht und der züchterische Fortschritt beschleunigt.